A FCT dá regularmente a oportunidade aos investigadores de submeterem candidaturas a projectos de investigação científica. Tal processa-se tanto em concursos abertos a todas as áreas científicas de periodicidade anual como através de concursos dirigidos a investigação orientada em certos domínios ou temas específicos.

A avaliação das candidaturas a projectos de investigação é efectuada por painéis de avaliadores independentes, envolvendo peritos nacionais e estrangeiros de reconhecido mérito e idoneidade, constituídos para cada concurso, por área científica, e compostos por um mínimo de três elementos.
Para os projectos de I&DT em todos os domínios científicos ou em domínios científicos particulares, o edital de abertura do concurso identifica os critérios de avaliação, de entre o conjunto seguinte:
A aplicação dos critérios de avaliação tem em conta, entre outros aspectos:
Para outro tipo de projectos, os editais de abertura estabelecem os critérios de avaliação e selecção aplicáveis.
Os painéis de avaliação e selecção seleccionam e hierarquizam as candidaturas de acordo com os critérios definidos para o concurso.
De acordo com o ponto 5 do artigo 11º e com o artigo 13º do Regulamento de Acesso a Financiamento de Projectos de Investigação Científica e Desenvolvimento Tecnológico, “a apreciação das observações de carácter técnico ou científico submetidas em sede de audiência prévia será feita por um painel de peritos após o encerramento da avaliação de todas as áreas do concurso”. Compete aos painéis de peritos “analisar as observações de carácter técnico ou científico apresentadas em sede de audiência prévia e recomendar a manutenção ou a modificação da decisão sobre a aprovação e o financiamento, bem como recomendar, de forma devidamente justificada, alterações ao projecto ou ao financiamento atribuído”.
Nesta conformidade, a apreciação das observações em sede de audiência prévia não pode ser entendida como uma segunda avaliação científica das candidaturas, nem como uma avaliação da competência dos Painéis de Avaliação. O conjunto de peritos, nacionais ou internacionais, a que a FCT recorre para integrar Painéis que apreciem as observações técnico ou científicas emitidas em sede de audiência prévia, pode trazer também um contributo para a melhoria do sistema da avaliação. As tarefas dos Painéis de Peritos situam-se assim a dois níveis:
Analisar as observações dos proponentes face à argumentação científica dos painéis de avaliação no contexto dos resultados de avaliação de cada área científica e determinar se as mesmas confirmam erros grosseiros ou actos negligentes que tenham resultado em prejuízo para os proponentes; só no caso de estes actos se verificarem, haverá fundamento para reversão da decisão do painel de avaliação.
Cabe ainda ao Painel de Peritos elaborar um Relatório Final que inclua, para além dos resultados, críticas e/ou recomendações que possam contribuir para a melhoria do sistema da avaliação. Todas as situações de conflito de interesses verificadas durante o funcionamento do Painel de Peritos deverão ser identificadas no Relatório Final.
A FCT disponibiliza aos Investigadores Responsáveis, como parte do sistema de informação e gestão FCTSIG, a chamada página de IR.
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