No período de 2007 a 2009, o orçamento da FCT destinado ao financiamento de instituições científicas teve um crescimento médio anual de 10%. Fazendo a distinção entre unidades de I&D e laboratórios associados, observa-se que este crescimento foi maior nas unidades, 14.9%, enquanto que nos segundos se situou nos 7.2% (gráfico I).
Actualmente, o financiamento aprovado (orçamentado) para 2007, 2008 e 2009 encontra-se praticamente pago às instituições (gráfico II). No caso das unidades de I&D, estes valores situam-se respectivamente na ordem dos 99.7%, 100.0% e 99.0%. No caso dos laboratórios associados, pela mesma ordem, 98.9%, 99.1% e 96.9%. O financiamento aprovado ainda por pagar depende sobretudo da apresentação dos relatórios financeiros por parte das instituições e da posterior análise da despesa executada.
Contudo, a evolução do financiamento aprovado e pago não acompanha aquela que é traçada a partir do financiamento efectivamente transferido em cada ano, reproduzida parcialmente no gráfico III e caracterizada no segundo grupo de gráficos das Instituições. Os financiamentos efectivamente transferidos em cada ano são, habitualmente, compostos por a) uma parte substancial do aprovado para cada ano e por b) pagamentos já devidos em anos anteriores.
Assim, ao analisar e interpretar a informação estatística relativa às Instituições é necessário ter em consideração que aí coexistem três séries distintas de valores, postas em comparação no gráfico IV. No primeiro grupo de gráficos é feita a comparação entre a série 1 e a série 2; o segundo grupo corresponde à série 3, única que permite uma caracterização anual, nomeadamente por domínios científicos e regiões.