Ao longo dos anos a FCT tem apoiado, a título individual ou através de apoios a projectos e unidades de investigação, largas dezenas de milhar de investigadores. Alguns têm visto o seu trabalho merecer destaque especial público através de prémios ou outras distinções. A FCT orgulha-se de os ter apoiado antes disso e envia-lhes felicitações especiais.
A FCT apoiou sucessivamente a carreira de Mónica Dias através de uma bolsa de doutoramento que a conduziu em 1997 ao University College em Londres, e, após o seu ingresso no Instituto Gulbenkian de Ciência em Oeiras a partir de 2006 onde constituiu o seu grupo de investigação, de uma bolsa de pós-doutoramento seguido de um contrato através do ITQB no âmbito do Programa Ciência 2007.
O EMBO atribuiu-lhe um Installation Grant, destinado à integração da sua equipa a nível europeu, pela qualidade da sua investigação relacionando ciclos de multiplicação das células e o cancro.
Uma proposta intitulada Advanced Amorphous Multicomponent Oxides for Transparent Electronics valeu a Elvira Fortunato uma prestigiada Advanced Grant do European Research Council que assegura financiamento de 2,25 M€ durante cinco anos para a sua equipa de investigação.
É investigadora responsável do CENIMAT (ficha de unidade), Directora do Laboratório Associado I3N que integra o CENIMAT, e um membro habitual dos painéis de avaliação dos concursos de Bolsas Individuais organizados pela FCT.
O Prémio Pulido Valente — Ciência premeia trabalhos científicos inéditos na área das Ciências Biomédicas e é patrocinado pela Fundação Pulido Valente e pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia. Margarida Santos foi distinguida na edição de 2007, dedicada ao tema Organização Funcional da Célula, pelo seu artigo Notch1 engagement by Delta-like 1 promotes differentiation of B lymphocytes to antibody-secreting cells publicado nos Proceedings of the National Academy of Sciences de Setembro de 2007.
Foi bolseira de doutoramento da FCT entre 2002 e 2005 na Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa.
Francisco Veloso como um dos cinco jovens investigadores a receber uma Sloan Industry Studies Fellowship em 2008. Estes prémios apoiam o tabalho de investigadores no começo das suas carreiras, que são reconhecidos por terem demonstrado ser uma grande promessa tanto para o avanço do conhecimento como para o desenvolvimento industrial. Neste caso o prémio reflecte a sua contribuição para a indústria automóvel.
Foi bolseiro de doutoramento entre 1997 e 2000 no Massachussets Institute of Technology e de pós-doutoramento em 2001 no Instituto Superior Técnico.
Cristina Rodrigues concluiu a sua tese de doutoramento Revealing Host Factors Important for Hepatocyte Infection by Plasmodium in 2007 com apoio da FCT através de uma bolsa de doutoramento.
A ERA-NET Pathogenomics, da qual a FCT é uma instituição financiadora, distinguiu a tese com um ERA-NET Pathogenomics PhD Award 2008. O Prémio será entregue na conferência Genomes 2008 em Paris onde, como parte do prémio, ela apresentará o seu trabalho.
O matemático Luís Barreira recebeu o Prémio Ferran Sunyer i Balaguer pelo seu livro Dimension and Recurrence in Hyperbolic Dynamics. São considerados para o prémio livros numa área de investigação activa em Matemática em que o autor tenha dado contribuições importantes.
Foi um bolseiro de Doutoramento da JNICT, a instituição predecessora da FCT, entre 1992 e 1995, enquanto estudante de doutoramento na Penn State University, EUA, sob a orientação de Yakov Pesin.
Nuno Crato foi um finalista do European Science Communication Prize em 2008 pelo seu papel no ”levar o fascínio da matemática ao grande público“.
Recebeu da JNICT, a instituição antecessora da FCT, uma bolsa para a realização de doutoramento em 1991/1992, e uma bolsa de cientista convidado por quatro meses em 2000.
Todos os anos a Fundação Calouste Gulbenkian atribui prémios a jovens investigadores destinados a estimular a investigação em áreas específicas. Os premiados em 12 de Fevereiro de 2008 foram:
Todos, excepto um, foram bolseiros da FCT (Mestrado, Doutoramento, ou Pós-Doutoral).
Um projecto de investigação em imunologia, seleccionado de entre mais de 9000 candidaturas de toda a Europa, valeu a Henrique Veiga Fernandes um Starting Grant do European Research Council que lhe permitirá dirigir a sua própria equipa de investigação no Instituto de Medicina Molecular em Lisboa.
Henrique Veiga Fernandes foi bolseiro da FCT enquanto estudante de Mestrado, Doutoramento e Pós-doutoramento entre 1996 e 2003.
A historiadora Irene Flunser Pimentel foi galardoada com o Prémio Pessoa referente a 2007. Os seus trabalhos incidem sobre Portugal durante o "Estado Novo".
Irene Flunser Pimentel foi bolseira da FCT com início a 01/09/2001 por 48 meses. Completou uma Tese de Doutoramento em 2006 na Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências Sociais e Humanas, tendo por orientador o Professor Fernando Rosas. O Tema da Tese foi A PIDE/DGS: História de uma instituição (1945—1974).