A FCT é um parceiro em vários convénios de cooperação bilateral, acordos culturais e memoranda de entendimento que apoiam acções de apoio à mobilidade transnacional de investigadores.
Acordos Culturais com Bulgária, Croácia, Eslováquia, Grécia, Irlanda, Luxemburgo, México e Roménia. Os acordos culturais partilham um edital de concurso comum.
Acordos culturais com Argélia, Bulgária, China (restringido a Ciências Sociais), Coreia, Croácia, Dinamarca, Eslováquia, Grécia, Índia, Irlanda, Luxemburgo, México e Roménia.
O organismo responsável por estes concursos era o GRICES que, nesta vertente, foi integrado na FCT.