A FCT é parceira da ERA-NET E-Rare-3, um projeto que pretende alargar e fortalecer a cooperação transnacional entre organizações de financiamento de investigação em doenças raras, por um período de 5 anos (2015-2019). Esta ERA-NET tem por base as experiências e resultados dos programas E-Rare-1 e E-Rare-2 e ambiciona providenciar um modelo internacional para implementação de Concursos Transnacionais Conjuntos. O consórcio é formado por 25 organizações de 17 países Europeus, Associados e não Europeus. A sua dimensão internacional irá ser diretamente traduzida na colaboração próxima com o Consórcio Internacional para as Doenças Raras IRDiRC e outras iniciativas europeias e internacionais.
A ERA-NET E-Rare implementou com sucesso 10 Concursos Transnacionais Conjuntos para apoio a investigação em doenças raras. Este esforço tem agora continuidade com o Programa Europeu Conjunto para as Doenças Raras (EJP RD), estabelecido para fornecer ajuda adicional na coordenação dos esforços dos países Europeus, Associados e de fora da Europa, na investigação em doenças raras e implementar os objetivos do Consórcio Internacional para as Doenças Raras (IRDiRC).
Esta iniciativa recebeu financiamento do programa para a investigação e inovação da União Europeia Horizonte 2020 ao abrigo do contrato de subvenção N° 643578