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31-07-2020

Research on genetic diversity of SARS-CoV-2 Coronavirus in Portugal

(Only Available in Portuguese)

A disseminação do novo coronavírus SARS-CoV-2 (COVID-19) em Portugal está a ser monitorizada pelo Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, I.P. (INSA), através da análise do genoma deste vírus. Até à data, os dados recolhidos permitiram analisar 1550 genomas de SARS-CoV-2 obtidos a partir de amostras positivas do vírus colhidas ou recebidas pelo INSA. Este estudo faz parte de um dos 121 projetos apoiados pela FCT no âmbito do programa de apoio especial Research 4 COVID-19, dirigido a projetos de implementação rápida para soluções inovadoras de resposta à pandemia de COVID-19.

genomacovid

O estudo tem como principais objetivos identificar perfis mutacionais do SARS-CoV-2, monitorizar cadeias de transmissão e identificar novas introduções do vírus em Portugal; prever o início da transmissão na comunidade e aferir o impacto das medidas de contenção; determinar possíveis associações entre perfis genéticos (mutacionais) do vírus e determinadas manifestações clínicas (ex. diferentes graus severidade da COVID-19); e melhorar o conhecimento da variabilidade genética deste novo vírus à escala mundial, o que levará ao melhor desenvolvimento de medidas profiláticas (vacinas) e terapêuticas, sendo que os dados gerados pelo Instituto Ricardo Jorge foram imediatamente partilhados a nível internacional, através da plataforma online Nextstrain e do repositório GISAID.

Recorrendo a tecnologias de sequenciação de nova geração e a uma análise bioinformática através da plataforma online INSaFLU, o INSA consegue identificar a sequência completa do genoma. Estes dados permitem desenvolver um painel interativo (ver aqui) que reflete uma análise integrativa da diversidade genética (filogenia) e dispersão geotemporal do vírus SARS-CoV-2 em Portugal, realizada com o recurso às ferramentas do projeto Nextstrain (Hadfield et al. 2018, Bioinformatics).

Todas as informações sobre o desenvolvimento deste estudo estão disponíveis na página dedicada ao projeto.

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