A criação do Prémio Internacional Fernando Gil em Filosofia da Ciência foi anunciada pelo Governo português na ocasião do seu falecimento, para honrar a sua memória e trabalho (1937-2006). O Prémio foi lançado como uma iniciativa conjunta do Governo português, representado pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT), e da Fundação Calouste Gulbenkian (FCG).
O Prémio Internacional Fernando Gil, inicialmente atribuído anualmente, entre 2010 e 2011, passou a ser atribuído de dois em dois anos, de 2013 a 2019.
O intuito do Prémio era distinguir um trabalho de qualidade excecional no domínio da Filosofia da Ciência, considerando quer problemas epistemológicos gerais quer problemas relativos a áreas científicas específicas. A ciência era aqui referida em sentido amplo incluindo matemática, ciência da computação, medicina, economia e ciências sociais, bem como as ciências naturais como física, química e biologia.
Ao autor premiado era solicitado que proferisse uma palestra original pública, posteriormente publicada pela Fundação Calouste Gulbenkian, e que conduzisse um programa especializado de seminários para estudantes e investigadores em Lisboa na ocasião da cerimónia de entrega do Prémio.
A importância a pagar ao laureado na última edição, em 2019, foi de 75.000 € (setenta e cinco mil euros).
Vencedores das edições realizadas: